Nem sempre é possível prevenir um defeito congênito, no entanto algumas medidas podem ser adotadas pela mulher para ajudar a reduzir o risco de doenças congênitas como:

- Fazer o pré-natal e seguir todas as orientações médicas durante a gestação;
- Fazer os exames indicados pelo obstetra para detecção de infecções e realizar o tratamento, se necessário, conforme indicação médica;
- Tomar o ácido fólico e os suplementos nutricionais indicados pelo obstetra;
- Tomar as vacinas conforme orientação do obstetra, especialmente a da rubéola;
- Não tomar remédios por conta própria e sem orientação do obstetra;
- Fazer o controle e tratamento de doenças, como diabetes gestacional, pressão alta, epilepsia, hipotireoidismo ou infecções, conforme orientação do obstetra;
- Fazer uma alimentação balanceada, incluindo frutas, verduras e legumes frescos, para fornecer nutrientes necessários para o desenvolvimento do bebê. Veja como deve ser a alimentação na gravidez;
- Não consumir bebidas alcoólicas, fumar ou usar drogas de abuso;
- Evitar a exposição a radiação ou metais pesados como chumbo, cádmio ou mercúrio;
- Evitar viajar para regiões com surto de Zika.

Além disso, no caso da mulher ou do homem ter alguma doença congênita ou histórico familiar de defeitos congênitos, pode-se fazer um aconselhamento genético para verificar os riscos do bebê nascer com defeitos congênitos.